Viene ucciso da Ignazio Gilberti il pomeriggio del 5 luglio 1999, all’uscita dagli uffici amministrativi; il mandante viene identificato in Antonino Velio Sprio, un collega di Basile di cui lui stesso aveva iniziato le pratiche per il licenziamento, essendo quest’ultimo accusato di associazione a delinquere e tentato omicidio. Nel 2004 la Cooperativa Solidaria ha pubblicato il libro Filippo Basile. Un dirigente regionale prematuramente scomparso. Sempre a Luglio del 1999, il 21 a Gela (Caltanissetta), nella faida tra la cosca degli Emanuele e il clan dei Trubia, è ucciso Aurelio Trubia, all’interno di una sala di barbiere; è ucciso anche il giovane Salvatore Sultano, estraneo alla malavita.