L’ultimo capitolo della storia dei NAP si consuma nella serata del 1° luglio 1977 a Roma, sulla scalinata di San Pietro in Vincoli, dove una pattuglia di Carabinieri individua tre militanti dei NAP; nello scontro a fuoco rimane ucciso Antonio Lo Muscio e vengono arrestate Maria Pia Vianale e Franca Salerno.

Il gruppo terroristico termina così definitivamente di operare. Nel dicembre 1977 tre prigionieri dei NAP elaborano un documento di bilancio in cui, considerando esaurita la loro esperienza, motivano la loro confluenza nelle BR. Altri detenuti dei NAP, invece, scontano la pena per la loro militanza senza aderire ad altre organizzazioni.

Il 20 dicembre 1980, a Napoli, il militante dei NAP Alberto Buonoconto s’impicca a casa dei genitori, mentre ancora sta scontando la pena.

Il 30 luglio 1993, nel carcere mandamentale di Lauro (AV), muore per soffocamento un altro militante dell’ormai disciolta organizzazione: Claudio Carbone.

Per l’attività dei Nuclei Armati Proletari sono state inquisite 65 persone.